Лимон Ташкентский – невысокое дерево, максимальная высота которого 2,5 метра. При комнатном выращивании это растение редко вырастает больше 1,5 метра. Оно отличается прямым тонким стволом, покрытым оливково-серой корой и густой, широкой, ветвистой кроной, диаметр которой может достигать 1,5-2 метра.
На тонких ветвях с небольшими шипами и зеленой корой в очередном порядке располагается большое количество ярко-зеленых, гладких, блестящих листьев. Они имеют овальную форму, острый кончик и небольшие зазубрины по краю. На черешках листьев явно выделяются крылатки, которые больше свойственны апельсину, чем лимону.
В период цветения на растении появляются среднего размера ароматные пятилепестковые цветы. Удлиненно-яйцевидные лепестки снаружи имеют бледно-розовую окраску, тогда как их внутренняя часть абсолютно белая. Примерно через полгода после опыления на растении появляются небольшие плоды – яйцевидные многогнездные, малосемянные или совершенно бессемянные ягоды с кожистым околоплодником. Они покрыты блестящей, гладкой, желтовато-оранжевой кожицей, под которой скрывается сочная, ароматная, кисло-сладкая мякоть.
Корневая система растения представлена многочисленными, сильно ветвящимися, подземными, поверхностными корнями.